Die anspruchsvollste Integration ist die Prozessintgration, das heisst den Einbezug und die Abbildung der Geschäftsprozesse in IT-Systeme. Zur Zeit steht diese Art der Integration hoch oben auf der Wunschliste des Managements und der IT-Verantwortlichen. Es gibt eine grosse Anzahl entsprechender IT-Lösungen auf dem Markt.
Die Integration von Prozessen gestaltet den Arbeitsfluss zwischen rechnergestützte Aufgaben durch automatisierte System-zu-System Kommunikation und durch Steuerung der übergeordneten Prozesslogik.
Dabei werden die verschiedenen Funktionen entlang der Geschäftsprozesse mit Hilfe von Geschäftsregeln integriert. Dabei bleiben die einzelnen Applikationen, welche die Funktionen bereitstellen, in sich unverändert, was auch den Einsatz von Standardsoftware ermöglicht. Diese Art der Integration ist Voraussetzung für eine erfolgreiche und zugleich kostengünstige Umsetzung von E-Business-Initiativen.
Technisch gesehen ist Integration im Sinne von EAI kein leichtes Feld. Anbieter werben oft mit bunten „Kühlschrankbildern“ – viele verschiedenfarbige Rechtecke mit komplizierten Begriffen und dann ein großes Rechteck drumherum – um Integration darzustellen. Leider findet dabei die Integration nur in PowerPoint statt; es handelt sich nur um eine sogenannte Broschürenintegration.